По отношению к международным перевозкам могут применяться как прямые, так и косвенные налоги. Объектом прямых налогов являются: фрахт, пассажирская выручка, доходы от использования имущества судо- или авиавладельца, доходы от операций на суше (облагаемые налогом на прибыль, налогами на имущество, прирост капитала), а также заработная плата персонала транспортной компании. Косвенные налоги включают акцизы, НДС, таможенные и прочие сборы и пошлины, взимаемые в процентном или фиксированном отношении от объекта обложения. Объектом косвенных налогов является стоимость транспортных услуг, оказываемых компанией (НДС), а также таможенная стоимость приобретаемого оборудования, транспортных средств, горюче-смазочных материалов (НДС, акцизы, таможенные пошлины). Фиксированные либо адвалорные пошлины могут взиматься в качестве оплаты услуг, предоставляемых транспортной компании в портах и аэропортах (различные портовые сборы, плата за обслуживание в аэропортах, за воздушный коридор и т. п.). Субъектом налогообложения в данном случае является, как правило, судоходная или авиационная компания, эксплуатирующая свой транспортный парк. Ни суда, ни самолеты, несмотря на то что они несут на себе государственный флаг страны их прописки, по законодательству большинства стран не могут быть самостоятельными субъектами права, а соответственно и налогоплательщиками. Налогообложение международных транспортных перевозок во многом аналогично налогообложению всех прочих видов международной коммерческой деятельности: налоги уплачиваются как по месту резидентства судо- или авиавладельца (корпоративный налог на глобальную прибыль компании), так и в стране возникновения дохода по принципу территориальности. Наряду с общими налоговыми конвенциями, затрагивающими широкий круг вопросов, связанных с двойным обложением доходов и капитала резидентов договаривающихся государств в иностранной юрисдикции, применительно к деятельности судоходных и авиакомпаний могут быть применены специальные налоговые соглашения, заключенные в сфере транспортных перевозок. Международные налоговые соглашения, как правило, отдают все права на налогообложение дохода от перевозок стране, в которой судоходная или авиакомпания является резидентом.
